《鹽城工學院學報》創(chuàng)刊于1987年，原名《鹽城工業(yè)?？茖W校學報》。1996年，鹽城工專與鹽城職大合并，組建鹽城工學院，由此，將《鹽城工業(yè)?？茖W校學報》更名為《鹽城工學院學報》。

1998年9月，經國家新聞出版總署批準，獲正式刊號（在此之前，為江蘇省新聞出版局批準的臨床刊號）。《學報》的報道內容以自然科學為主，教學教育研究等社科類文章。2001年12月，國家新聞出版總署正式批準我院出版《鹽城工學院學報》（自然科學版）。自2002年第1期始，所刊載文章全為自然科學類作品。

《鹽城工學院學報》堅持以馬列主義、毛澤東思想為指導,堅持四項基本原則,貫徹"雙百"方針,以繁榮科學文化,服務社會主義精神文明建設、服務學?？蒲?、教學與人才培養(yǎng)工作為己任,以"展示科研成果、活躍學術思想、促進學術交流、培養(yǎng)科研人才"為辦刊宗旨,主要刊發(fā)政治、經濟、歷史、語言、文學、藝術、管理以及高等教育研究、教學研究等方面的學術論文,竭誠歡迎校內、外廣大專家、學者惠賜高水平、高質量的稿件,學報將約請有關專家審稿,嚴格把好審稿關,錄用稿件唯質量是舉,以確保稿件、刊物的質量和水平。

1998年全國高專學報《三優(yōu)》評比，獲優(yōu)秀學報二等獎。

2000年中國學術期刊（光盤版）檢索和評價數(shù)據(jù)規(guī)范評比獲優(yōu)秀學報獎。